超濾膜的清洗，又可分為物理清洗法和化學清洗法兩種。

　　一、物理清洗法：
在這方面用的多普遍的就是水力沖洗法。工業設備清洗廠家物體表面受到物理、化學或生物的作用而形成的污染層或覆蓋層稱作污垢，去除這些污染物或覆蓋層而使其恢復原表面狀況的過程稱為清洗。它又可因水力沖洗方向的不同，分為逆向沖洗、反沖洗和正洗沖洗。
逆向沖洗：
用原水沖洗膜內和進水端面的雜質。
反沖洗：
用超濾水從膜塊表面的污染物沖松散、剝落，分別從進水口和濃縮口排出（可加酸、堿或次氯酸鈉(Sodium)等藥品加強清洗效果）。
正洗沖洗：
用原水沖洗膜內和端面的雜質，按運行狀態將超濾膜清洗干凈。

　　二、化學清洗法：
根據膜表面污染物質的種類，選擇適當的化學藥品與之進行溶解、氧(Oxygen)化或其他化學反應(Chemical reaction)達到去除的目的。常用的化學藥品的選擇必須根據膜材料的性質選擇，如酸類、堿類、氧化劑、殺菌劑(成分:無機化合物)、表面活性劑以及加酶洗滌(washing)劑等。進行方法與正常超濾過程相同，清洗液自原液入口處進入，濃縮液及超濾液全部返回清洗液容器，循環后排放，以凈水洗凈即可。
酸性清洗劑常用的有0.N鹽酸(HCl)溶液，0.M草酸(化學式:H2C2O4) 溶液，～3%檸檬酸、檸檬酸胺、EDTA等。這類清洗劑在去除鈣（Ca)離子、鎂離子、氟(fluorine)離子等金屬離子(metal ion)及其氫(Hydrogen)氧化（oxidation)物，無機鹽凝膠(gelate)層是較為有效的。
堿性清洗劑主要是0.～0.5%的NaOH水溶液。工業設備清洗廠家物體表面受到物理、化學或生物的作用而形成的污染層或覆蓋層稱作污垢，去除這些污染物或覆蓋層而使其恢復原表面狀況的過程稱為清洗。它對去除蛋白質，油脂類的污染具有良好的效果。
氧化（oxidation)性清洗劑如～.5%雙氧水(aquae hydrogenii dioxidi)、0.5～%NaOC
　　
　　L、0.05～0.%疊氮酸鈉等，對去除有機物質的污染有顯著效果。
生物酶(Enzyme)制劑如%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，對去除蛋白質(protein)、多糖、油脂類的污染是有效的。對去除有機物污染也有一定效果。應用酶清洗劑時，如能在55～60℃下進行清洗效果更佳。清洗時間的長短與酶濃度的高低有關。
超濾膜在特定條件下采用化學清洗方法雖是必要，但使用時須慎重?；ぴO備清洗許多的水處理設備、設施（如冷卻水塔、冷水機組、水池等），長期運行后。都需要得到有效的清洗。清洗的目的是除去其系統中的污垢、腐蝕產物、微生物及其衍生物等，提高系統的工作效率。要避免化學清洗劑破壞膜的分離性能；不能使污染物發生變形，加重膜的污染；不應破壞污染物的膠體性質，使它變硬僵化。在食品工業，醫藥工業生產(Produce)中，不能讓清洗劑的殘留物影響產品質量等。